Wie bei der manuellen Rechnungsbearbeitung, erfolgt auch in der elektronischen Rechnungkontrolle eine Prüfung auf den Restbetrag, die Differenz zwischen Zeilen und Belegtotal. Ist die Rundungsdifferenz grösser als die eingestellte Abweichung, so kann die Rechnung nicht verarbeitet werden. Abweichungen innerhalb der Toleranz werden mit der Rechnungsverarbeitung auf die Position mit dem höchsten Wert aufgeschlagen (wie bei der manuellen Rechnungsbearbeitung).
